慧思不再怀疑。

不久，告密者一人暴死，另外两个被狗咬死，蜂所示的征兆，于此得到了验证。

陈皇帝钦佩慧思的道法高深，传旨把慧思接到下都的栖玄寺。

有一次，慧思从栖玄寺到瓦官寺，赶上下雨，他没带雨具，却身上不湿，鞋不沾泥。

僧正、慧暠诸弟子在路上遇到慧思，他们称赞道“真是神人！不然，怎么会如此呢？”

陈国的大臣对慧思佩服异常，道俗也为之倾倒。大督都吴明徹，敬重慧思，送给慧思一个犀牛枕。李将军孝威，到寺中拜见慧思。

他在路上想“怎么才能看到吴明徹送给慧思的犀半枕呢？”

等到了慧思的住处，慧思对李孝威说“想看犀牛枕，现在就可以看。”

有一天，忽然有声音告诉李孝威打扫院子，有圣人将至。

孝戚立即让人打扫。不一会儿，慧思就来了，孝威仰慕不已。

孝威把此事告诉众人，众人惊叹不已。

慧思想回南岳，众人不敢挽回，用船把他送到江边。

慧思回山中后，陈皇帝每年都要去三封信，表示慰问。

慧思在山中加倍宣讲佛法，其道法更加高深莫测。

现形忽大忽小，有时会藏身不见，又时常有异香奇色出现、各种瑞相接连不断。

慧思曾说要在山上住十年，住满就走。

在十年将满之时，慧思从山顶下到半山道场，聚集门徒，连日说法。

慧思苦口婆心地劝众僧学法行道，听着为之动颜。

慧思告诉众人说“如果有十个人不惜生命，常修《法华》、《般若》、《念佛三昧方》等，常行忏悔，这种人有什么需要，我将随时供给。如果没有这样的人，我就要远去了。”

苦行之事艰难，众门徒无人回答。慧思停念止息，等待命尽。

小僧灵辩见慧思将要离去，嚎啕大哭。

慧思睁开眼说“你是个恶魔，我要走了，众圣正在迎接我，快乐致极。你为什么要惊动我，赶快出去。”

说完，慧思就离去了。

慧思死时，异香满室。

他的尸体头顶温热，身体绵软，面色如常。

终年六十四岁。